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이 때 창왕(昌王) 즉위에 공로가 컸던 조민수도 함께 탄핵되어 삼척으로 유배되었으며, 이숭인, 하륜, 권근 등도 유배되었다.
공양왕을 등극시킨 이성계, 신덕부, 지용기, 정몽주, 설창수, 성석린, 조준, 박의 정도전 등 대신들에게는 공신녹권(功臣錄權)이 주어졌다. 신진 유학 세력인 이들 아홉 명의 공신은 정치, 경제, 사회, 교육, 문화 전반에 걸쳐 과감한 유교 중심의 개혁작업을 시도하였다.
우선 정치 발전을 위해 경연제도를 도입하여 정치 논쟁을 활성화시키고 과거에 무과(武科)를 신설하여 군대의 질을 높였다.
관제에서도 전리사, 판도사, 예의사, 군부사, 전법사, 전공사 등의 명칭을 이조(吏曹), 호조(戶曹), 예조(禮曹), 병조(兵曹), 형조(刑曹), 공조(工曹) 등 6조로 개편함으로써 성종조에 확립된 6부제를 부활시켰다.
또한 유학의 진흥을 꾀하기 위해 개성의 오부와 동. 서북면의 주(州), 부(部)에 유학교수관을 두었으며, 불교를 배척하고 유교를 숭상한다는 이념에 따라 주자가례(朱子家禮)를 시행하여 집집마다 가묘를 세우게 하고 양반 출신 중에 승려(僧侶)로 출가한 사람들은 환속시켜 본업에 종사하도록 하였다.
뿐만 아니라 불교의 경제적 기반을 없애기 위해 사찰의 재산을 몰수하여 국고로 환수하였으며, 오교양종(五敎兩宗)을 해산하여 병력을 보충하였다. 경제개혁으로는 서강에 광흥창과 풍저창, 개성 오부에 의창을 세워 곡식을 비축하게 하였다.
또한 조준의 주장에 바탕하여 현. 전직 관리의 직급에 따라 토지를 지급하는 과전법(科田法)을 실시하여 녹제와 전제를 대폭 개혁하였다. 이는 신흥세력의 경제적 기반을 닦는 모체가 되었다.
이 외에도 인물추고감을 설치하여 민. 형사범에 해당하는 노비결송법과 결송법을 정하였고, <도선비기>에 따라 1390년 도읍을 한양으로 옮겼다.
그러나 천도로 말미암아 민심이 동요하자 이듬해인 1391년 개경으로 환도하였다.
신진 세력의 개혁정책은 이처럼 가속화되었지만 정몽주, 이숭인, 이종학 등의 온건개혁파는 급진적인 것보다는 사회전반에 무리가 없도록 단계적인 것이 신하의 도리라고 주장했다.
따라서 이들은 역성혁명을 꿈꾸는 조준, 남은, 정도전, 남재, 조박 오사충 등을 경계하며 제거할 기회를 노렸고, 1392년 2월 명나라를 방문하고 돌아온다는 소식을 듣자 세자 왕석을 마중하러 갔던 수문하시중수(守門下侍中) 이성계는 황주까지 마중을 나갔다.
다음 날이면 왕세자 일행과 황주에서 서로 마주치는 날이니 하루의 시간적 공백이 있는 셈이었다. 이성계 일파는 실로 오랜 만에 사냥으로써 장부(丈夫)의 호연지기를 풀 기회를 맞이한 셈이었다.
